Por otra parte, y en relación a la disputa entre el Consejo de la Magistratura y la Corte en torno a una cuestión de superintendencia, el senador acentuó su posición de "dialogar, consensuar y no llegar al conflicto"
Agundez hizo referencia a la polémica acordada 4/2000, por la cual el Alto Tribunal le quita facultades al Consejo en cuanto a la disciplina de sus empleados. "El Consejo de la Magistratura es una institución nueva que recién está caminando". En cuanto al planteo del último plenario del Consejo, donde se criticó duramente a los medios de prensa por cuestionar la lentitud en la selección de jueces para cubrir los juzgados vacantes, Agúndez, acentuó que "no ha pasado mucho tiempo en la conformación orgánica del Consejo, y antes del apurar la selección de jueces, prefiero que se hagan bien las cosas". "Deben realizarse los pasos necesarios porque queremos los mejores jueces del país", concluyó.