El magistrado renunciante quedó golpeado cuando a pesar de haber obtenido el record histórico de puntajes para los concursos en el Consejo de la Magistratura, fue dejado fuera de la compulsa para ser camarista a raíz de un proceso de juicio político que se seguía en su contra, el cual finalmente fue desarticulado y remitido a la Comisión Disciplina para su análisis.
Luego de su paso por el fuero comercial de primera instancia, Favier Dubois se dedicará a ejercer la actividad docente, ya que en el último tiempo había recibido ofertas de la Universidad Notarial Argentina, para dar clases actividad que siempre realizó en distintas casas de altos estudios.
El magistrado, que pidió licencia hasta que la renuncia sea aceptada, se postuló en el 2001 para el concurso N° 62/2001 que busca cubrir una vacante en la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Comercial de la Capital Federal para dos salas; pero al tiempo recibió denuncias en su contra lo que motivó que la Comisión de Selección decidiera dejarlo fuera del mismo, decisión que motivó la presentación de un recurso de amparo en contra de la misma.
A fines de 2003 el juez había cobrado notoriedad cuando ante su juzgado tramitó el concurso preventivo de la entonces concesionaria Correo Argentino SA.
El propio Favier Dubois reconoce que tomó la decisión, ya que cree que luego de 18 años su misión en primera instancia está cumplida, y por el otro porque piensa que desde fuera del Poder Judicial le será más fácil competir por un lugar en la Cámara Nacional del fuero Comercial.
Destacó en su renuncia que la misma en modo alguno importará dejar de “luchar por la vigencia de la Justicia” en las relaciones del Mercado, ni por “el fortalecimiento del Fuero Comercial”, lo que se propuso continuar haciendo desde la actividad académica, el asesoramiento profesional y una organización de bien público.
También, dejó constancia que la dimisión no importará desistir del amparo judicial que inició para revertir la “inconstitucional decisión del Consejo de la Magistratura”, que lo dejó afuera de una terna para ascender en un concurso en el que resultó -según evaluó- “absoluto vencedor”.
Asimismo destacó, que en caso de prosperar dicha acción, y en el supuesto de que el PEN así lo dispusiera con acuerdo del Senado de la Nación, podría en un futuro retornar al Poder Judicial para seguir sirviendo a la República desde otro cargo.