El expediente, en el cual se investiga la desaparición forzada de personas, ingresó a la Corte Suprema de Justicia de la Nación como consecuencia de la excusación formulada por el juez subrogante Marcos Bruno Quinteros, y de todos sus posteriores conjueces, y de la recusación con causa del único conjuez que aceptó la tarea.
Los ministros consideraron que podía producirse un caso de privación de justicia, violándose incluso los derechos del imputado el cual permanece detenido desde septiembre de 2006, sin que se le haya realizado siquiera la declaración indagatoria, por lo que tomaron cartas en el asunto.
Optaron por obligar al juez subrogante Marcos Bruno Quinteros a que entienda en la causa como instructor, ya que durante su participación en el expediente no fue recusado por ninguna de las partes.
Los jueces de la Corte comprendieron lo delicado del problema y las razones que llevaron a otros letrados a no aceptar el cargo de conjuez, afirmando que ”resulta ponderable la actitud de los magistrados que ante la reiteración de las manifestaciones que intentan arrojar un manto de sospechas sobre su imparcialidad y buen juicio denuncian violencia moral y razones de delicadeza como un modo de asegurar que la denuncia es infundada."
Sin embargo también mencionaron que "no es menos cierto que la integridad de espíritu, la elevada conciencia de su misión y el sentido de la responsabilidad que es dable exigirles, pueden colocarlos por encima de las insinuaciones y, en defensa de su propio decoro y estimación y el deber de cumplir con la función encomendada, conducirlos a no aceptar las sospechas de alegada, no probada y desestimada parcialidad.”
De esta manera, la Corte arrojó un expediente candente en las manos del juez subrogante que se excusó en primer lugar, ya que este no había recibido las críticas que sí lo habían hecho el resto de los conjueces, por que resulta el más adecuado para entender en la causa.
Por ello, la Corte Suprema de Justicia de la Nación, dejó sin efecto la recusación del juez subrogante de Formosa, ordenando que intervenga lo antes posible en la causa, a fin que tome las medidas necesarias para solucionar las cuestiones pendientes de resolución.