La negativa a la solicitud de los fiscales, que acusaron también a “Pakito” de los delitos de atentado, utilización ilegítima de vehículo de motor ajeno y falsificación de matrícula, tiene por argumento cuestiones de derecho internacional. Múgica Garmendia fue trasladado de Francia el último 8 de febrero, pero no fue por estos delitos que fue concedida la extradición, por lo que el Tribunal no los pudo tener en cuenta.
De acuerdo con la sentencia, el terrorista se había reunido poco tiempo antes del atentado con dos miembros de un “comando itinerante” de ETA para acordar los detalles del atentado contra el Cuartel General de la Armada. Uno de los dos hombres era Henri Parot, condenado en esta misma causa. “Pakito” les había proveído de un automóvil Citroen-BX que había sido robado por la organización en el exclusivo balneario vasco de San Sebastián y al que se le habían colocado patentes falsas.
Según los datos que pudo comprobar la Audiencia Nacional, Parot se trasladó a la Ciudad Universitaria de Madrid donde preparó la carga explosiva con alrededor de veinte kilos de amonal que fueron colocados en el baúl del auto y se fijó la hora de la explosión a las 5.25 del 17 de mayo de 1987, siempre obedeciendo órdenes de Múgica Garmendia, en un hecho que fue reivindicado por la ETA desde el país vasco francés.
Como consecuencia del atentado perpetrado en el Paseo del Prado de Madrid, a sólo 20 metros de la entrada del Cuartel General de la Armada, fue herido un soldado de infantería, que sufrió heridas en los párpados y en el oído derecho además de trastornos psíquicos. También se produjeron desperfectos en el Cuartel por 59 millones de pesetas.
La prueba más importante para la condena de “Pakito” fue la declaración en dependencias policiales y judiciales de Parot, que reconoció a través de varias fotografías a su ex compañero y dijo que era el responsable del comando que organizó el atentado.
A través de la sentencia, la Audiencia Nacional consideró a Múgica Garmendia autor de un delito de lesiones que "exigieron tratamiento médico", en concurso con otro de estragos por poner en peligro la vida e integridad de las personas "teniendo en cuenta la carga explosiva utilizada". Además s lo condenó junto con Parot a indemnizar los daños y lesiones producidos.