El Fiscal General argumentó que el mentado artículo 348 había sido derogado tácitamente en virtud de lo dispuesto por el artículo 120 de la Constitución Nacional y los artículos 1 y 76 de la Ley Orgánica del Ministerio Público solicitando en consecuencia la nulidad del auto por el que el juez elevó la causa en consulta y de todos los actos posteriores practicados en su consecuencia.
Arribada la queja a la Corte, el tribunal señaló que "aun cuando se pueda sostener que los fiscales cumplen, materialmente, una función judicial, en tanto, al igual que los jueces, aspiran a que el proceso finalice con una sentencia justa, lo hacen desde posiciones procesales diversas, y el ejercicio efectivo de la misión que a cada uno de ellos le compete se excluye recíprocamente: ni el fiscal puede juzgar ni el juez puede acusar"
Por ello reafirmaron que el 120 de la Constitución Nacional en cuanto se refiere al Ministerio Publico "supone no sólo independencia del Poder Ejecutivo, sino también del Poder Judicial, como correlato de una concepción dentro de la cual sólo dicha independencia permite estructurar un procedimiento penal en el que las garantías de la defensa en juicio y la imparcialidad del tribunal no estén en discusión"
Añadieron al respecto que el deber del Ministerio Público de actuar "en coordinación con las demás autoridades de la República" no puede ser convertido en subordinación, a riesgo de neutralizar el sentido mismo de su existencia.
En cuanto a la posición sostenida por la cámara de casación, según la cual el Poder Judicial es el que debe "controlar" el ejercicio que de la legalidad hace el Ministerio Público, es la que conduce, finalmente, a admitir la consecuencia extrema de que en el debate la imputación provenga, en definitiva, del propio tribunal que debe juzgar sobre su admisibilidad, advirtieron.
De esta forma resolvieron que "la necesidad de asegurar la independencia funcional del Ministerio Público Fiscal" consagrada en el art. 120 de la Constitución Nacional impone declarar la inconstitucionalidad del art. 348, segundo párrafo, primera alternativa, del Código Procesal Penal de la Nación.
La medida contó con los votos de Enrique Santiago Petracchi - Augusto Cesar Belluscio (en disidencia)- Carlos S. Fayt (según su voto)- Antonio Boggiano (según su voto)- Juan Carlos Maqueda (según su voto)- E. Raul Zaffaroni (según su voto) - Elena I. Highton De Nolasco.