Pese a que su creación está en la Ley de Ministerios, las funciones del nuevo organismos se superponen con la Procuración General del Tesoro y la Sindicatura General del Estado, además de la Auditoría General de la Nación. Además, debe indicarle al juez que aspectos de una causa que está investigando: si coinciden sus actividades se superponen y si es otra investigación corre el riesgo de que su actividad sea nula por no estar autorizada por juez competente.
Mozzoni dijo desconocer una supuesta resolución del juez federal Claudio Bonadío para rechazar la posibilidad de constituirse como querellante en una causa contra el ex presidente del PAMI, Víctor Alderete. Por el contrario, dijo que la Oficina Anticorrupción fue tomada como parte en las causas que tramitan los jueces Adolfo Bagnasco y Gabriel Cavallo, en las que se investiga al ex funcionario menemista. "No conozco de ningún rechazo. Por el contrario, las comunicaciones que he recibido son la aceptación de tomar lista en las actuaciones relacionadas con el caso PAMI con el juez Bagnasco, en la aceptación de ser tenido como parte querellante, que es lo que hemos pedido, por el juez Cavallo." Mozzoni aclaró también que la causa abierta contra María Julia Alsogaray "es simplemente una averiguación" basada "en un informe de la Auditoría General de la Nación que habría advertido irregularidades importantes en algunas contrataciones", durante su gestión como secretaria de Medio Ambiente.