El fraude fue detectado tras una larga investigación encarada por la Justicia Federal en donde se analizaron los movimientos realizados en las cuentas judiciales durante los últimos cinco años. El informe donde consta el faltante, solicitado por el juez federal subrogante Federico José Gómez fue realizado por peritos contables de la División Defraudaciones y Estafas de la Policía Federal Argentina junto con peritos de la Corte Suprema de Justicia de la Nación. En el mismo se consigna que sobre un total de 17 millones de pesos que pasaron por esas cuentas bancarias, faltan casi 3 millones.
Los peritos vieron facilitado su trabajo por programas especiales de computación provistos por la Aduana, con el fin de evitar interferencias informáticas que pudieran adulterar o enmascarar los resultados. Un hecho llamativo es que el resultado de esta pericia se contrapone con los arrojados por cinco auditorías internas efectuadas entre diciembre de 1996 y febrero de 2000 y que sólo habían encontrado irregularidades menores.
Como consecuencia de estos hechos en el mes de abril el juez procesó a Jorge Rodrigo, jefe del área pagos de la sucursal, Daniel Basualdo, subcontador y Anabella Trost, controladora del mismo sector, a los que consideró autores de fraude a la administración pública. Los procesamientos fueron confirmados en octubre por la Cámara Federal de Apelaciones de Rosario.
Hasta el momento, el juez que no habría podido determinar el destino que se le ha dado al dinero faltante de la sucursal Santa Fe del Banco de la Nación Argentina.