Los jueces deberán, a su vez, afrontar otras cuestiones menos jurisdiccionales, como son los intentos del Gobierno Nacional y el de la Ciudad para trasladar a los fueros en lo Criminal y Correccional, Laboral, Civil, Comercial y de Seguridad Social a este último ámbito. Ya se han escuchado voces de rechazo desde la Asociación de Magistrados y Funcionarios Judiciales y se prepara otro tanto desde el sindicato que nuclea a los empleados. Pero también los fiscales, agrupados en el Fores, son reacios a aceptar una transferencia que según sus argumentos vulnera disposiciones constitucionales que hacen a la independencia del Poder Judicial.
Otro punto conflictivo es la creación de los 9 juzgados en lo Penal Tributario. Esta medida, si bien fue aprobada por la Cámara de Diputados, se encuentra empantanada por el escollo de un Senado dominado por el justicialismo.
En cuanto al nombramiento de nuevos jueces, el Consejo de la Magistratura necesita 6 meses para preparar y concretar los concursos que posibiliten el nombramiento de 120 jueces que cubran las vacantes producidas desde agosto de 1996, cuando se reglamentó la puesta en marcha de este organismo, y los necesarios para la integración del nuevo fuero Penal Tributario.