Rubira, acusador en el proceso, defendió el derecho de Scilingo a "tener un juicio justo e imparcial". El militar fue procesado por el juez en virtud de su confesa participación en los crímenes perpetrados durante los gobiernos de facto.
Según el fiscal, los miembros de la Audiencia Nacional madrileña "reconocen de forma clara que han constatado la existencia de los hechos criminales ocurridos durante la dictadura argentina, los cuales fueron realizados por los gobernantes argentinos y por los miembros de las Fuerzas Armadas o de seguridad, sin realizar ningún tipo de exclusión ni de matización".
Por ese motivo, "está justificado el temor del procesado a ser juzgado por los señores magistrados sometidos a la recusación".
En abril de 1995, el represor confesó su participación en los "vuelos de la muerte" que consistieron en arrojar al océano a prisioneros de la dictadura previamente dopados con sedantes.
Scilingo fue arrestado por orden del juez Garzón en 1995, quien en julio de 2001 dispuso enviar nuevamente a prisión al ex capitán. Pero el acusado apeló la medida y, cuando el asunto llegó a la cúpula de la Audiencia, recusó a todos sus miembros.