Según las fuentes consultadas, Mahdjoubian fue procesado junto con Daniel Mauro -su ex secretario exonerado de la justicia por disposición de la Cámara del Crimen- y el abogado José Alberto Seyahián, imputados todos de participar en la presunta maniobra.
De la investigación periodística emitida a fines de 2002, se desprendería que el abogado José Alberto Seyahian, profesor de la Universidad de Belgrano, junto a dos altos jefes de la división Defraudaciones y Estafas de la Policía Federal buscaban, en supuesta connivencia, las pruebas que la causa y el cliente necesitaban. El abogado, invocando sus presuntas influencias, señaló al juez de Instrucción Juan José Mahdjoubian y a su secretario, Daniel Horacio Mauro, como el contacto en el juzgado amigo.
Por este hecho, el consejero Orio –representante de los abogados- solicitó en su momento “intervención a la Comisión de Acusación para que se realicen las investigaciones necesarias dirigidas a esclarecer los hechos denunciados por el programa Telenoche Investiga" por medio de un escrito de una carrilla que fue remitido al presidente del cuerpo, en ese entonces Julio Nazareno.
Mahdjoubian también enfrenta un pedido de juicio político por ante el Consejo de la Magistratura desde hace más de un año , el cual está a cargo de la diputada Lelia Chaya.