Si bien la Corte no entró en la consideración de la asociación ilícita, resolvió por mayoría que los crímenes de lesa humanidad son imprescriptibles para la justicia,. El máximo tribunal llegó a tal determinación con los votos de Eugenio Zaffaroni, Juan Carlos Maqueda, Elena Highton de Nolasco, Antonio Boggiano y Enrique Petracchi. Zaffaroni y Highton de Nolasco presentaron un voto concordante, en el que consideraron que los tratados internacionales adoptados por la Argentina en la reforma constitucional de 1994 y por el Congreso en el 2002, tienen jerarquía constitucional.
La mayoría consideró que a través del artículo 118 de la ley suprema por la noción del Derecho de Gentes, ya estaba incorporada en la Argentina la imprescriptibilidad de estos delitos, más aún cuando dicho artículo ya se encontraba en la Carta Magna de 1853, aunque con distinta numeración, y de esta forma rechazaron el argumento de que el delito cometido por Arancibia Clavel fue perpetrado veinte años antes de la incorporación a la Constitución de los tratados.
En disidencia Adolfo Vázquez, Augusto Belluscio y Carlos Fayt consideraron que el delito se halla prescripto. Vázquez recordó que "el principio de irretroactividad de la ley penal también se encuentra reconocido en los instrumentos incorporados a la Constitución Nacional". En concordancia con Belluscio y Fayt, evaluó como una "conclusión dogmática inadmisible" que la Corte afirme que "el texto del artículo 118 de la Constitución otorga preeminencia al derecho de gentes sobre las propias normas constitucionales".
Fuentes de la Corte muy cercanas al debate previo entre los ministros analizaron que en materia de derecho penal, la posición de la mayoría es innovadora en relación a la postura más conservadora de la minoría, ya que retrotrae la ley penal en los casos de crímenes de guerra o lesa humanidad, criterio que podría ser reflotado cuando se aborde el tratamiento de la validez, de las leyes de obediencia debida y punto final.
En otro orden, en autos “Jofré, Teodora s/ incidente de excarcelación” el tribunal declaró improcedente el recurso extraordinario contra la decisión de la Sala II de la Cámara de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal que no había hecho lugar a la solicitud del beneficio excarcelatorio intentado por Teodora Jofré.
La recurrente se encuentra procesada por los delitos de sustracción y ocultamiento de un menor de diez años previstos en los arts. 138, 139, inc. 2°, y 146 del Código Penal, en calidad de partícipe necesario. El tribunal se remitió al dictamen del Procurador General, y la resolución fue firmada por Petracchi, Fayt, Maqueda, Boggiano y Highton. En disidencia votaron Belluscio, Vázquez y Zaffaroni.
Por su parte, en el expediente “Gómez, Francisco s/ denuncia” y remitiéndose a la causa “Jofré” el tribunal declaró improcedente el recurso planteado por la defensa de Francisco Gómez contra la decisión de la Sala II de la Cámara de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal que confirmó el procesamiento y la prisión preventiva del nombrado en orden a los delitos de sustracción, ocultación y retención de un menor de diez años, en concurso real con el delito de falsificación ideológica de documento público destinado a acreditar la identidad de las personas, en concurso real con el delito de falsificación ideológica de documento público, en concurso ideal con el delito de supresión del estado civil de un menor de diez años.
Finalmente en autos “Alsogaray, María Julia s/ enriquecimiento ilícito y falsificación de documento público” se desestimó el recurso interpuesto por la defensa de la ex funcionaria por falta de sentencia definitiva. La resolución fue firmada por Petracchi, Belluscio, Boggiano, Vazquez, Zaffaroni y Highton.
La impugnación había sido promovida contra la resolución de la Sala IV de la Cámara de Casación Penal que al desestimar el recurso de queja por casación e inconstitucionalidad planteado confirmó lo resuelto por el Tribunal Oral en lo Criminal Federal N°4 que no había hecho lugar a los planteos de nulidad, prescripción e inconstitucionalidad del art. 268 (2) del Código Penal intentados por aquélla en la causa que se le sigue en orden a los delitos de enriquecimiento ilícito y falsificación de documento privado.
Contiendas provinciales
En relación al conflicto por la coexistencia de dos Intendentes en la Ciudad de San Luis por el cual tramitan 5 quejas y un juicio originario ante el máximo tribunal, los ministros haciendo suyo lo dictaminado por el Procurador General de la Nación resolvieron dar traslado de las quejas presentadas y no sustanciadas ante el superior tribunal provincial al Ingeniero Pérsico, al Gobierno de la Provincia de San Luis y al Partido Justicialista (distrito provincia) a fin de asegurar el derecho de defensa.
En esa causa, el Procurador aconsejó también que fuera la propia Corte quien llevara adelante el traslado pendiente de las quejas a fin de evitar un dispendio de actividad jurisdiccional mayor, como así también que se hiciera lugar a la conexidad planteada a fin de que haya una única resolución común al caso.
Por último en relación al litigio mantenido por fondos de la coparticipación exigidos por la intendencia de la Ciudad de La Rioja a la Provincia de La Rioja, la Corte concluyó que se trataba de un típico conflicto de naturaleza local que, por respeto a nuestro régimen federal y a las autonomías provinciales, debía ser resuelto por los órganos judiciales locales y sin interferencias de la justicia federal.
La causa tuvo su origen en una primera demanda promovida por la Municipalidad de La Rioja contra la provincia homónima, ante el Superior Tribunal de Justicia local, que tenía por objeto que la Provincia liquide al municipio los fondos que percibe por la coparticipación y que corresponden a la comuna. La justicia provincial había desestimado una medida cautelar pedida por el municipio, para que a título precautorio se entreguen dichos fondos mientras se tramitaba el juicio.
En tanto la municipalidad promovió un segundo juicio, ante la justicia federal de La Rioja por el cual demandó al Estado Nacional a fin de que éste cumpla con su obligación de hacer respetar la autonomía de los municipios.
En esta segunda causa, el juez federal dictó una medida cautelar, por la cual ordenó al Ministerio de Economía de la Nación que le entregue directamente a la intendencia una suma de dinero –cercana a los cinco millones de pesos mensuales. A raíz de esta medida, el Superior Tribunal provincial ordenó al Ministerio que se abstuviera de retener dichos fondos, a la par que le solicitó al juez federal que se inhiba de seguir entendiendo en el segundo juicio y lo remita al tribunal provincial, conflicto de competencias que debió ser dirimido por la Corte nacional.