Aunque el dictamen de Freiler no es vinculante, constituye una toma de posición de la Justicia federal contra el pedido que hace casi dos meses efectuó el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas, para quedarse con la causa de robo de bebés. En medios judiciales, se descuenta que Bagnasco rechazará el planteo del tribunal militar, ya que, en varias oportunidades, el magistrado se pronunció a favor de la competencia de la Justicia civil en los casos de sustracción de menores. No obstante, el conflicto podría ser elevado hasta la Corte Suprema de Justicia o la Cámara de Casación penal para su resolución.
En su dictamen, el fiscal Freiler solicitó que se declare la inconstitucionalidad del artículo 10 de la Ley 23.049, que establece a la Justicia militar como primera instancia para juzgar las violaciones a los derechos humanos ocurridos durante la dictadura. En ese sentido, Freiler recordó que "los tribunales militares no forman parte del Poder Judicial sino que dependen funcional y orgánicamente del Poder Ejecutivo" y agregó que la competencia de la justicia militar sólo valdría para casos de "específica y estricta naturaleza militar". Además, el fiscal citó tratados internacionales suscriptos por la Argentina que establecen que la desaparición de personas es un delito permanente, que aún puede ser juzgado ya que aún existen casos de menores que no recuperaron su identidad, tras haber sido sustraídos en la época de la dictadura. Por la causa de robo de bebés, el juez Bagnasco procesó y dictó la prisión preventiva del ex almirante Emilio Eduardo Massera, los ex presidentes de facto Jorge Videla y Reynaldo Bignone, el ex general Suarez Mason y el ex capitán Jorge "Tigre" Acosta, entre otros.