Bagnasco hizo suyos los planteos de la querella en el sentido que los hechos que se juzgan en esa causa son "actos políticos cuyo juzgamiento por parte de Tribunales de índole militar, subvertiría el sistema republicano de gobierno, instituiría un fuero personal y aparejaría el incorrecto desplazamiento de la competencia de los Tribunales Federales, en favor de un organismo administrativo".
Por otra parte recordó que la Convención Interamericana sobre Desaparición Forzada de personas, ratificada por la Argentina en virtud de la Ley 24.556 de fecha 18 de octubre de 1995, establece que "los presuntos responsables de los hechos constitutivos del delito de desaparición forzada de personas solo podrán ser juzgados por las jurisdicciones del derecho común competentes en cada Estado con exclusión de toda jurisdicción especial, en particular la militar" agregando que "los hechos constitutivos de la desaparición forzada de personas no podrán considerarse como cometidos en el ejercicio de las funciones militares".
Bagnasco puso el acento en sostener que los delitos investigados son de carácter permanente, al pronunciarse en la causa respecto de los hechos que se le imputan al ex titular del Comando de Institutos Militares el general Santiago Omar Riveros, y otros militares implicados en la causa.
Por otra parte, la Cámara Federal (Sala Primera) rechazó la recusación que contra Bagnasco había planteado la defensa del ex general Guillermo Suárez Mason, por entender que "no existen suficientes elementos fácticos que constituyan razones legitimas para sustentar el temor de parcialidad y menos para afirmar la existencia de prejuzgamiento o enemistad manifiesta" de parte del magistrado.
El pronunciamiento responde al planteo que efectuó la defensa de Suárez Mason respecto de una nota periodística en la cual Bagnasco habría afirmado que el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas se asemeja al Tribunal de Disciplina de la AFA.
"Las notas periodísticas invocadas carecen de trascendencia que se les asigna en punto al apartamiento de los jueces del conocimiento de las causas", señaló la Cámara, quien sostuvo también que "las explicaciones brindadas por el magistrado recusado en torno a las respuestas objetivas que diera a la periodista respecto de la función jurisdiccional del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas permiten desvanecer toda sospecha así como descartar el adelanto de opinión, sentimiento adverso alguno respecto de los imputados".
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