La acusación principal contra Caro, que estaba contituida por la delegación de la competencia en la jurisdicción militar, fue rechazada por los jueces Elena Highton de Nolasco (presidente del Jurado), Enrique Basla, Manuel Moreira, Ramiro Puyol, Guillermo Sagués y Eduardo Roca; mientras que Manuel Baladrón, César Gioja y Carlos Rossi votaron por la destitución. Mientras que los 9 jueces desestimaron las imputaciones por pérdida de pruebas por incompetencia y gravísimas dilaciones en la toma de las testimoniales de dos soldados.
Caro fue suspendido en su cargo y acusado por supuesto mal desempeño por el Consejo el 2 de marzo. La instrucción de la acusación fue realizada por el ex consejero Juan Minguez y sostenida ante el Jurado por Diana Conti, Federico Storani y Beinusz Szmukler.
Los jueces que rechazaron la acusación de ceder la investigación en el Ejército afirmaron que Caro "pudo haber utilizado datos de la investigación interna militar" pero entendieron que la acusación no "ha podido acreditar que la actuación del magistrado fuera determinada por actividades extrajudiciales o que, en su caso, se le demarcara el rumbo de la investigación".
Los magistrados agregaron que si bien algunas decisiones de Caro pueden ser "opinables", entendieron que "fueron ordenadas en el marco del libre ejercicio de sus facultades discrecionales para demarcar y decidir el desarrollo de las medidas de instrucción, sin que se advirtiera una intencionalidad distinta a la de administrar justicia".
Además, los 6 jueces advirtieron que "la complejidad del caso, la calidad de los imputados y los intereses institucionales en juego, dificultaron en algunos aspectos la tarea del doctor Caro", como por ejemplo los escasos medios que tuvo. Estos jueces calificaron la investigación de la muerte de Carrasco como "uno de los hechos más relevantes de la historia judicial argentina, cometido en un regimiento militar y bajo la mirada de la opinión pública nacional".
Quienes se inclinaron por la remoción de Caro fueron duros en sus términos. Los senadores Gioja (PJ), Rossi (Partido Nuevo, del intendente de Córdoba Luis Juez) y el diputado Baladrón (PJ) entendieron que hubo una "manifiesta desidia" del magistrado ya que "la más elemental prudencia recomendaba no poner en manos de personal militar tareas propias de la instrucción".
"Lo que resulta inocultable y absolutamente injustificable es que el juez Caro haya consentido sin inmutarse que la Justicia Militar investigase un hecho sobre el que no tenía jurisdicción, ya que la suya propia (la de Caro) era absolutamente exclusiva", agregaron los legisladores y entendieron que Caro "tenía pleno conocimiento que en el Ejército se estaba investigando la muerte de Carrasco". "El señor juez Federal no solamente toleró un sumario paralelo, sino que lo amarró e hizo uso de él".
Las restantes acusaciones contra Caro eran: irregularidades en las declaraciones de los soldados Fabián Luna y Juan Sebastián Castro y haber omitido la huella de un camión militar Unimog en el lugar donde se encontró el cuerpo de Carrasco.
Este es el segundo juicio político consecutivo que el Jurado rechaza. El anterior fue contra los camaristas federales del Chaco Tomás Inda y Beatriz Fernández que fueron acusados por el Consejo por haber utilizado indebidamente un hábeas corpus que liberó a 11 represores acusados de crímenes de lesa humanidad en lo que se conoció como la Masacre de Margarita Belén durante la última dictadura militar. Al igual que en el caso de Caro, los camaristas fueron restituidos en su cargo por el voto de 6 jueces del tribunal. Pero, luego del juicio, a Inda se le aceptó la renuncia que previamente había presentado.
El soldado Carrasco fue encontrado muerto el 6 de abril de 1994 en el Batallón 161 del Ejército Argentino ubicado en la localidad Zapala. Este hecho le puso fin al servicio militar obligatorio.