El militar chileno asesinado se había refugiado en la Argentina después del golpe en el que Augusto Pinochet, que había sido su subalterno y conspiró para que se alejara de la fuerza, derrocó al presidente socialista Salvador Allende. Pero la Argentina del 29 de septiembre de 1974 no era la misma de aquella a la que se había exiliado poco antes. Juan Domingo Perón había muerto hacía casi tres meses mientras ejercía la presidencia, y la clandestina Triple A (Alianza Anticomunista Argentina) liderada por José López Rega estaba comenzando a asesinar a militantes y abogados de izquierda.
En ese marco habían comenzado las acciones inscriptas en el denominado “Plan Cóndor”, lanzadas desde Chile y destinadas a perseguir y eliminar opositores refugiados en otros países de la región, que se sumaron luego de la trágica iniciativa pinochetista.
En el proceso oral que llevarán los jueces José Velentín Martínez Sobrino, María del Carmen Roqueta y Horacio Alberto Vaccare, serán querellantes además del Estado chileno, las tres hijas del matrimonio asesinado: Sofía, María Angélica y Cecilia Prats Cuthbert, que estarán representadas por Luis Moreno Ocampo, mientras que el país trasandino contará con los servicios del penalista Alejandro Carrió.
Además de la acusación contra Arancibia Clavel por asesinato, se investigará si existió una asociación ilícita y varios testimonios vincularán a la DINA, a la Agencia Central de Inteligencia de Etados Unidos (CIA) y a la Triple A con el crimen. La acusación de asociación ilícita había sido solicitada por los fiscales de primera instancia, y a pesar del rechazo de Martínez Sobrino y Vaccare, el Tribunal de Casación aceptó que sea observada durante el juicio al considerar el voto en disidencia de la doctora Roqueta.
En la etapa instructoria que estuvo a cargo de la jueza María Romilda Servini de Cubría también hubo cargos contra el argentino Juan Martín Ciga Correa, miembro de la Triple A y agente del Batallón de Inteligencia 601 durante la última dictadura, pero fue sobreseído por falta de mérito. Servini de Cubría, a pesar de elevar la instrucción a juicio oral, continuará con una investigación en la que están imputados el ex jefe de la DINA Manuel Contreras y al mismísimo Augusto Pinochet, el primero detenido y el segundo afrontando un proceso judicial sin precedentes en Chile.
Tanto Prats como su esposa fallecieron cuando explotó una bomba colocada en su auto al ingresar en la cochera de su domicilio en Malabia 3351, en el barrio de Palermo. A pesar de que en la primera investigación que se hizo sobre el asesinato se determinó que se trató de un explosivo de fabricación casera, partes del automóvil fueron encontradas en la terraza de un edificio vecino de ocho pisos. El encargado de la protección de Prats era el entonces coronel Reynaldo Bignone, que ocho años después sería el último de los presidentes de la última dictadura, y que deberá declarar como testigo durante la cuarta jornada.
La participación de la CIA , en tanto, surge de las confesiones del ex agente de inteligencia norteamericano Michael Townley, quien participó de la planificación y ejecución del doble crimen, y también es autor confeso del asesinato del ex canciller Orlando Letellier, ocurrido en Washington, y que en la actualidad permanece en su país bajo un régimen de identidad reservada.