La designación del Auditor General es una facultad del principal partido opositor en el Senado, y la designación de Barra antes que terminara el mandato de Menem generó una ríspida polémica. Paixao reemplaza en el cargo dentro de la Auditoria a Héctor Rodríguez, quien fue designado al frente de la Secretaría Legal y Técnica.
El senador menemista Jorge Yoma "le pasó factura a la Alianza" y utilizando los mismo términos que el ex gobernador Eduardo Duhalde usó para con Barra, acusó a Paixao de "falta de honestidad intelectual" y de haber ocupado el cargo "sin renunciar a su jubilación de privilegio", condición que el presidente De la Rúa había fijado para todos los funcionarios designados por el nuevo gobierno nacional.
La Auditoría General de la Nación está constituida por un presidente y seis auditores nombrados por partes iguales en el Senado y en Diputados.
En Diputados fueron nombrados el justicialista Cesar Arias, el radical Francisco Fragoso y el frepasista Mario Fadel, mientras que por el Senado continuarán el peronista Carlos Durán Sabás y Julio Casasbellos. La Cámara Alta también aprobó la designación del justicialista Eduardo René Mondino como Defensor del Pueblo en lugar de Jorge Maiorano.