Según lo manifestado a Diariojudicial.com por el consejero integrante de la Comisión de Disciplina, Eduardo Orio, esta causa ya había estado en Disciplina, pero en ese momento no se analizó la cuestión de fondo y se consideró que por las 18 denuncias que pesan sobre el magistrado federal, la causa debía pasar a la Comisión de Acusación. Este cuerpo que tuvo a su cargo la causa advirtió que no hubo existencia de delito por parte de Villafuerte Ruzo, razón por la cual someterá a criterio del plenario del Consejo desestimar el juicio político contra el juez y de ser necesario la aplicación de una sanción disciplinaria.
En lo que duró este expediente en la Comisión de Acusación, fueron citados a declarar numerosos testigos en lo que se conoció como la “masacre” de Villa Ramallo ocurrida en septiembre de 1999 donde un grupo de delincuentes intentó asaltar la sucursal del Banco Nación en esa localidad tomando por rehenes a empleados de la entidad bancaria. En el tiroteo entre delincuentes y grupos comandos de la fuerza policial bonaerense (GEO y GEOF) murieron tres personas. El juez Villafuerte Ruzo instruyó la causa y fue denunciado ante el Consejo de la magistratura por el abogado Juan Pandis, por “mal desempeño en su función”, al considerar que el magistrado habría permitido la huida de los delincuentes.
En esta causa declararon testigos presenciales, entre ellos el diputado nacional Carlos Soria quien en ese momento se desempeñaba en el cargo de Secretario de Justicia de la Provincia de Buenos Aires, Flora Lacabe de Chávez, viuda del gerente del banco; el subcomisario Claudio Marcelo Pereira jefe del GEOF, la unidad especial de la Policía que actuó en la represión de los delincuentes, y los testigos presenciales del hecho Claudio Facciano, Roberto Walter Leal y Cándido Osvaldo Luis.
En la última ronda de testigos declararon Bruno Corbo, ex subsecretario de Seguridad de la provincia de Buenos Aires, quien tenía a su cargo a la policía provincial, y Pablo Bressi, quien fue el mediador entre los delincuentes y las autoridades policiales.
También comparecieron en otras audiencias Ricardo Pascuali, ex empleado de la sucursal bancaria y uno de los rehenes liberado, Héctor Valverde quien fue tesorero del Banco y Adolfo Biardo jefe departamental de la policía bonaerense de San Nicolás, quien en el momento del hecho estaba supeditado a la plana mayor de la policía a cargo de cuatro comisarios, y del juez Villafuerte Ruzo. El magistrado también fue citado a comparecer ante la Comisión pero en dos oportunidades señaló la improcedencia de su declaración en virtud de que aún se encontraba instruyendo la causa y que ello podía entorpecer la investigación.