Por otra parte la Comisión de Disciplina del Consejo de la Magistratura tiene por mandato abocarse al trámite de las denuncias de las que son parte los jueces referidas a supuestas inconductas personales, anormalidades o a un manejo deficitario de la actividad jurisdiccional. Tal es el caso de la juez a la que le constataron que su juzgado permanecía cerrado un día de paro general o atrasos más que considerables por parte de una Cámara Federal.
Uno de los caminos para dilucidar esta aparente superposición de funciones que desconcierta a los jueces, ya que deben responder en dos frentes distintos por los mismos hechos, lo constituye el inminente tratamiento por parte del Consejo de la Magistratura de un proyecto por el que se le acuerdan facultades de “auditores” a los asesores de los miembros del Consejo, con la idea de concentrar en ese ámbito todo el proceso probatorio y de juzgamiento de los magistrados.
Por otra parte, algunos jueces son partidarios de que la Corte mantenga esas facultades ya que consideran que de esa manera las cuestiones conservan un status más benigno ya que las instancias del Consejo de la Magistratura deben quedar para los casos en que se hacen denuncias ante ese organismo, cuyos miembros no son todos provenientes del Poder Judicial.