En la sentencia que fue informada a través de una audiencia pública de la que no tomaron parte los imputados, la Sección Quinta de la Audiencia de Madrid condenó a Vera a siete años de prisión ya que lo encontró culpable del delito continuado de malversación de caudales públicos.
Las condenas también alcanzaron al ex director general de la Policía José María Rodríguez Colorado, al ex director de la Seguridad del Estado Julián Sancristóbal, al ex jefe de Mando Unico de la Lucha Contraterrorista Francisco Alvarez y al ex gobernador civil de Vizcaya Juan Ignacio López Rodríguez, quienes deberán cumplir seis años, cuatro, 11 y diez meses de cárcel respectivamente .
El fiscal Anticorrupción, Alejandro Luzón, había solicitado para Barrionuevo siete años de cárcel y 16 de inhabilitación, seis años y un mes de cárcel y 15 años de inhabilitación para Corcuera y ocho años de cárcel para Vera y Rodríguez Colorado.
El Ministerio Público pedía también tres años de prisión para Sancristóbal, 11 meses para Alvarez y diez para Juan Ignacio López Rodríguez, todos ellos por el delito de malversación.
El juicio se celebró en la Audiencia de Madrid desde el pasado mes de septiembre y quedó visto para sentencia el 17 de diciembre, luego de que las defensas de los procesados reclamaran la absolución para sus defendidos.
El fiscal sostuvo que los acusados "aprovecharon la discrecionalidad en el manejo de fondos reservados, convirtiéndolo en arbitrariedad, adulterando su fin propio, amparados así en la total ausencia de cualquier tipo de control". No obstante, destacó que "no está probado que Barrionuevo y Corcuera se quedaran una peseta de los fondos reservados".
La sentencia explica que entre 1982 y 1993, la cuenta de fondos reservados de la Dirección de la Seguridad del Estado, luego Secretaría de Estado para la Seguridad, se incrementó todos los años en cantidades que oscilaron entre 500 y 1.500 millones de pesetas.
Los aumentos los autorizaba Hacienda a petición del ministro del Interior, a quien, a su vez, se los reclamaba el secretario de Estado para la Seguridad. En total, en esta cuenta de fondos reservados estuvieron presupuestados entre 1982 y 1993, 16.300 millones de pesetas, de los cuales 10.015 correspondían a ampliaciones de crédito y no a presupuestos iniciales.
El tribunal señala que el motivo de las sistemáticas modificaciones presupuestarias para elevar la cuenta de fondos reservados respondía a un "maquillaje presupuestario" y se dedicaban a gastos de la Fiscalía Antidroga, la Comisión Nacional de Coordinación de Policía Judicial o para retribuciones de fiscales de la Audiencia Nacional para dar cursos a policías.
Pero el tribunal añade que ”también se utilizaba el dinero para pagar gratificaciones o retribuciones, fuera de nómina, a una pluralidad de funcionarios destinados en la Dirección de la Seguridad del Estado o en algunos de sus gabinetes u órganos dependientes. En fin, se sustraía dinero para el enriquecimiento personal de altos cargos del Ministerio del Interior".