La causa se originó cuando la Administración de Parques Nacionales interpuso una acción de amparo contra la Provincia del Neuquén a fin de que se le ordene cesar en cualquier acto que importe pretensiones jurisdiccionales sobre territorios que son del dominio exclusivo de la Nación.
Señaló que la provincia demandada había autorizado a la empresa "Expediciones Náuticas S.R.L." para hacer uso de las aguas del río Limay, en el sector comprendido entre los parajes Rincón Chico y Villa Llanquín, para el desarrollo de actividades de navegación, con fines turísticos.
En consecuencia -expuso- Neuquen se atribuyó competencias de las que carece porque en el margen "este" de dicho curso hasta su nacimiento con el lago Nahuel Huapi, marca uno de los límites del parque nacional de ese nombre sobre el cual ejerce jurisdicción exclusiva, como lo disponen las leyes 24.302 y 22.351.
La Corte centró la cuestión en "determinar si el tramo en conflicto del río Limay pertenece al Parque Nacional Nahuel Huapi o a la Provincia del Neuquén. Ello impone examinar tanto la ley 24.302, que establece los límites de aquel parque, como el tratado interjurisdiccional aprobado por la ley 23.896 y su gravitación sobre la fijación de límites entre Neuquén y Río Negro que efectuó la ley 18.501."
Añadió que el Parque Nacional Nahuel Huapi se encuentra ubicado en el sudoeste de la Provincia del Neuquén y en el noroeste de la Provincia de Río Negro y su extensión fue variando a lo largo del tiempo hasta su actual delimitación establecida por la ley 25.553.
Haciendo un análisis de la reforma de ley 24.302, señalaron los ministros que en esa delimitación el río Limay está incluído en territorio de la Reserva Nacional Nahuel Huapi, pues la ley menciona con toda claridad que "el límite corre por la costa este del curso de agua hasta su nacimiento en el lago Nahuel Huapi, contrariamente a la posición de la Provincia del Neuquén"
En cuanto a la ley 18.501, precisaron que "si bien es cierto que estableció que el límite entre las provincias de Río Negro y Neuquén seguirá por la línea media de los cursos actuales de los ríos Neuquén y Limay (art. 1°, incs. a y b), ello es así en todo aquello que no pertenezca a otro ente, tal como sucede en el caso con el último de los ríos mencionados, en el tramo que forma parte del parque y la reserva natural Nahuel Huapi"
Con estos argumentos el tribunal rechazó la pretensión de Neuquén en cuanto afirma que el río Limay al igual que los demás recursos naturales existentes en su territorio, pertenece al dominio público provincial de acuerdo a lo que establecen los arts. 12, 26, 75 incs. 10 y 13, 124 y 125 de la .Constitución Nacional.
La resolución contó con los votos de Enrique Santiago Petracchi, Augusto César Belluscio, Antonio Boggiano, Juan Carlos Maqueda y Raúl Zaffaroni en tanto que Carlos Fayt, votó en disidencia parcial.