Cabe recordar que Arancibia Clavel había sido condenado a reclusión perpetua por el Tribunal Oral Federal nº 6 por considerarlo partícipe necesario del homicidio del matrimonio Prats Cuthbert y por pertenecer a una asociación ilícita. No obstante, la Cámara Nacional de Casación Penal declaró la prescripción de la acción en orden al último de estos delitos.
Recurrida la sentencia, la Corte en primer lugar se avocó al tratamiento de la asociación ilícita y si ella configura un delito de lesa humanidad. Al respecto expresó que “no podría sostenerse que si los homicidios, la tortura y los tormentos, la desaparición forzada de personas, son delitos contra la humanidad, el formar parte de una asociación destinada a cometerlos no lo sea, pues constituiría un contrasentido tal afirmación, toda vez que este último sería un acto preparatorio punible de los otros...”
Por ello calificó a la conducta de Arancibia Clavel “como un delito de lesa humanidad, pues la agrupación de la que formaba parte estaba destinada a perseguir a los opositores políticos de Pinochet, por medio de homicidios, desaparición forzada de personas y tormentos -sobre cuyo carácter no caben dudas- con la aquiescencia de funcionarios estatales”
En relación a la prescripción de la acción el tribunal concluyó que los hechos por los que se condenó a Arancibia Clavel “ya eran imprescriptibles para el derecho internacional al momento de cometerse”, con lo cual no se da una aplicación retroactiva de la Convención de Imprescriptibilidad de Crímenes de Guerra y Lesa Humanidad, sino que ésta ya era la regla por costumbre internacional vigente desde la década del ´60, a la cual adhería el Estado argentino.
Para arribar a tal solución argumentaron los ministros que “no se trata propiamente de la vigencia retroactiva” de la citada Convención porque ésta ”constituye la culminación de un largo proceso que comenzó en los primeros años de la década de 1960 cuando la prescripción amenazaba con convertirse en fuente de impunidad de los crímenes practicados durante la segunda guerra mundial...” Así señalaron que la Convención de Imprescriptibilidad de Crímenes de Guerra y Lesa Humanidad “sólo afirma la imprescriptibilidad, lo que importa el reconocimiento de una norma ya vigente (ius cogens) en función del derecho internacional público de origen consuetudinario. De esta manera, no se fuerza la prohibición de irretroactividad de la ley penal, sino que se reafirma un principio instalado por la costumbre internacional, que ya tenía vigencia al tiempo de comisión de los hechos”
Si bien los votos en disidencia fueron formulados separadamente por cada uno de los jueces, en ellos distinguieron dos cuestiones que –señalaron- “no deben ser confundidas”: el principio de imprescriptibilidad de los crímenes de lesa humanidad previsto en la mencionada Convención y la que se refiere a la posibilidad de su aplicación retroactiva.
Señalaron así que la aplicación al caso de la "Convención sobre la Imprescriptibilidad de los Crímenes de Guerra y de los Crímenes de Lesa Humanidad" resulta contraria a la proscripción de aplicación retroactiva de la ley penal, como corolario del principio de legalidad.
En este sentido remarcaron también que no “se puede admitir que en virtud del ius cogens la imprescriptibilidad de la acción penal por delitos de lesa humanidad rigiera en la Argentina al tiempo de cometerse los hechos que se pretende incriminar”.
De esta forma el tribunal declaró procedente el recurso extraordinario y dejó sin efecto la sentencia apelada ordenando que los autos vuelvan al tribunal de origen a fin de que por quien corresponda, se dicte nuevo pronunciamiento con arreglo al presente. La resolución contó con los votos de Zaffaroni, Highton De Nolasco, en tanto que Petracchi, Boggiano, y Maqueda lo hicieron según su voto. Belluscio, Fayt y Vázquez lo hicieron en disidencia.