La Comisión Provincial por la Memoria denunció a Fernández Garello por su supuesta participación en crímenes de lesa humanidad durante la última dictadura y solicitó su inmediato juicio político. Según ese organismo presidido por el Premio Nobel de la Paz Adolfo Pérez Esquivel, Fernández Garello habría tenido participación en el secuestro, tortura y asesinato de Ana María Martínez y el secuestro y tortura de al menos tres militantes comunistas. Se indicó que entre 1978 y 1982 el fiscal revistaba como subinspector de la Dirección de Inteligencia de la Policía de la Provincia de Buenos Aires (Dippba) donde "desarrolló acciones de espionaje político y gremial, e infiltración en organismos de derechos humanos en el marco del terrorismo de Estado". La CPM solicitó el inmediato juicio político contra Fernández Garello y el urgente apartamiento de sus funciones. Sin embargo, Garello negó las acusaciones. "Por el respeto que merecen los familiares de las víctimas del terrorismo de Estado, me preocupa particularmente aclarar a la familia de Ana María Martínez que seguramente ha sufrido con el hecho -quien fuere secuestrada, torturada y asesinada en febrero de 1982 según pude verificar en el sitio www.desaparecidos.org- que este Fiscal General en ese tiempo prestaba servicios en la Dirección General de Asuntos Judiciales con asiento en la Comisaría de Haedo para trabajar con Jueces del Departamento Judicial de Morón, dato que puede corroborarse accediendo a la información de mi legajo, por lo que resulto totalmente ajeno a ese hecho", afirmó el fiscal. Fernández Garello agregó que "tampoco he tenido nada que ver con ningún otro episodio de similar naturaleza. Las circunstancias referidas por la Comisión Provincial por la Memoria en ese sentido, evidencian serios y preocupantes vestigios de falsedad". Finalmente señaló que "hago saber que me encuentro a entera disposición de la justicia para aclarar cada uno de los puntos mencionados en la documentación presentada y que aún no he recibido".