Tuvieron en cuenta que la apelación interpuesta no se dirigía contra la sentencia del tribunal superior de la causa. Mientras que por su parte, Carmen Argibay, al fallar en disidencia, entendió que la Corte debía declarar admisible el recurso extraordinario y expedirse sobre el punto federal invocado, vinculado con la afectación al principio que veda la doble persecución penal contra una misma persona y por un mismo hecho.
Se señaló que la Sala I de la Cámara en lo Criminal y Correccional Federal de esta ciudad resolvió no hacer lugar a las excepciones de cosa juzgada y de prescripción de la acción penal interpuestas por la defensa de Videla, así como confirmar los autos de primera instancia que dispusieron su procesamiento con prisión preventiva y el embargo sobre sus bienes, por los delitos de privación ilegítima de la libertad -reiterados en 72 oportunidades- por asociación ilícita. Pero contra dicha resolución la defensa interpuso el recurso extraordinario.
Los hechos que se endilgan al ex militar comprenden los delitos perpetrados en el marco del denominado "Plan Cóndor", nombre con el que se conoce la relación ilegítima establecida entre gobiernos y servicios de inteligencia de distintos países de América del Sur (Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay) cuya finalidad principal fue la de compartir información y cooperar para perseguir ilegalmente a opositores políticos. Este modo de asociarse permitió a las fuerzas armadas de los países implicados, desarrollar operativos de inteligencia y militares fuera de su competencia territorial, y en un lapso que va desde la instalación en Chile de la dictadura de Augusto Pinochet, en 1973, hasta el cese de los gobiernos de facto en América Latina.
Con respecto al planteo de la excepción de cosa juzgada, la cámara lo rechazó con base en que de la declaración indagatoria de Videla prestada ante el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas, y luego ante el pleno de la Cámara Federal, no fue preguntado específicamente sobre todos los hechos que se investigaban, y en cuanto a los cuatro casos sobre los cuales es posible afirmar que fue sometido a juicio: Esther Ballestrino de Careaga, Elba Lucía Gándara de Castroman, Simón Antonio Riquelo y Cristina Magdalena Carreño Araya, sostuvieron la teoría de que se trata de ““delitos permanentes”, por lo que la garantía del non bis in idem solamente abarca el tramo delictivo que se extiende hasta que la sentencia dictada en el primer proceso, quedó firme”.
Respecto al delito de asociación ilícita, la Cámara del Crimen sostuvo que existían sobradas constancias que permitían concluir, de acuerdo con el grado de verosimilitud exigido en esa etapa, que Jorge Rafael Videla tomó parte del denominado "Plan Cóndor", y que el hecho se extiende desde el 24 de marzo de 1976 hasta el 31 de julio de 1978, lapso en que fue Comandante en Jefe del Ejército y, en tal calidad, integró la Junta Militar.
Además, el tribunal agregó que, en virtud del principio de la ley más benigna, correspondía hacer aplicación del tipo penal previsto en el artículo 210 bis actualmente vigente, es decir, en la redacción de la ley 23.057. Asimismo, los magistrados luego de analizar y dar por probados los distintos requisitos exigidos por el tipo penal, y desarrollar extensamente el argumento por el cual “la asociación ilícita, cuando funciona en el marco de las propias organizaciones estatales de poder, debe ser considerada un crimen contra el derecho de gentes, máxime cuando se tiene el propósito de cometer crímenes contra la humanidad, crímenes de guerra o cualquier otro crimen contra el derecho internacional”.
En cuanto a la crítica que efectuó la defensa a la sentencia de primera instancia, que consideró aplicable al caso el tipo penal del artículo 144 bis del Código Penal "en función de las prescripciones de la Convención Interamericana sobre Desaparición Forzada de Personas, ley 24.556, en forma reiterada, 72 hechos", la Cámara concluyó que los hechos llevadas a cabo en el marco de la persecución política implementada desde órganos del Estado argentino, en conjunto con otros de la región, “ya eran crímenes contra la humanidad a la fecha de su comisión, y que los desarrollos posteriores del derecho penal internacional reafirmaron esa circunstancia, hasta el punto de adoptar un término específico “desaparición forzada” para caracterizarlos y de ser objeto de instrumentos internacionales donde se los condenó por violar principios elementales de humanidad reconocidos como inderogables por la comunidad internacional desde varias décadas atrás”.
Además, sobre la prescripción de la acción penal solicitada por la defensa respecto de ambos delitos, el a quo sostuvo que no existían obstáculos derivados del principio de legalidad -según la invocación de esa parte- teniendo en cuenta la recepción del jus gentium que realiza la Constitución Nacional en el artículo 118, y que impone que los tribunales nacionales apliquen, cuando tengan que juzgar hechos de tal naturaleza, las normas relativas a la persecución de los crímenes de guerra, tipificación que es anterior a la fecha de su comisión.
La Cámara también recordó que la Asamblea General de las Naciones Unidas aprobó, el 26 de noviembre de 1968, la “Convención sobre la Imprescriptibilidad de los crímenes de guerra y de los crímenes de lesa humanidad”, y tras mencionar la existencia de normas consuetudinarias y de principios generales de derecho, así como de exhortaciones a los estados miembros de la Asamblea General de la ONU, citó el precedente "Priebke" y el caso "Barrios Altos" resuelto por la Corte Interamericana de Derechos Humanos.
Así concluyeron afirmando que “los crímenes contra la humanidad no están sujetos a plazo alguno de prescripción conforme la directa vigencia en nuestro sistema jurídico de las normas que el derecho de gentes ha elaborado en torno a dichos crímenes que nuestro sistema jurídico recepta directamente a través del artículo 118 de la Constitución Nacional”.