Otro momento de tensión se generó cuando responsabilizó al vicario de la diócesis de Avellaneda, monseñor Roberto Toledo de haber firmado cheques en blanco. El ex secretario privado del arzobispo de Buenos Aires, Antonio Quarracino esta siendo investigado por una maniobra de $ 10 millones que se cobraron por ventanilla y que se hicieron aparecer como un préstamo al arzobispado por parte de la Sociedad de Retiro Militar –Seguro de Vida.
El caso generó un serio enfrentamiento entre la Iglesia y los militares pero se zanjó al responsabilizar a los Trusso de presunta estafa y al Banco Central por haber incumplido las funciones de superintendencia. La quiebra del BCP afectó a unos 16.000 ahorristas por $ 64 millones pero se calcula que cerca de $ 400 millones estaban depositados en cuentas “off-shore” (paraísos fiscales). En su indagatoria, Trusso negó que tenga depósitos en sociedades habilitadas en las Islas Caimán.
Trusso fue indagado durante más de tres horas por la jueza Marcela Garmendia. por presunto delito de administración fraudulenta con el traspaso de acciones y posibles ilícitos y cometidos en el manejo de títulos de la Administración Nacional de Seguridad Social. (Anses)."Tengo la conciencia tranquila, porque no tengo ninguna responsabilidad en los hechos por los que fui indagado", afirmó Trusso al salir de Tribunales.
Reconoció que en el caso de los bocones "hubo fallas administrativas que se solucionaron de inmediato al regularizar las diferencias".
Acerca de la Inversora Recoleta, negó cualquier participación en su composición y sostuvo: "No tengo nada que ver y mucho menos asesoré, ya que soy economista no abogado". La quiebra del BCP se podía haber evitado, pero esto estuvo mal manejado desde el Banco Central de la Nación porque la muestra era una entidad local y regional bien administrada hasta 1995", argumentó.
Pablo Trusso explicó que "Sólo estoy arrepentido de haber trabajado mucho". "Casi todos los ahorristas cobraron". Al preguntarle acerca de los damnificados por las operaciones off shore que habría realizado la entidad quebrada, señaló desconocer esa operatoria.