La imputación --aún no hay una calificación legal-- es "haber disminuido maliciosamente y con ánimo de lucro, distintos bienes de capital, poniendo así en peligro el normal desenvolvimiento de la empresa entre 1994 y 1995". La compañía se encontraba a cargo de la explotación comercial de la Terminal Portuaria número 6 del Puerto de la Ciudad de Buenos Aires y los directivos de cuatro Directorios han sido imputados de causar "un serio perjuicio patrimonial a la economía nacional".
Las indagatorias comprenden a cuatro directorios de la concesión de la Terminal Portuaria Número 6 y entre ellos ya fueron sometidos al interrogatorio el primer presidente Sergio Gustavo Sokolsky, y Luis Horacio Rocatti, director titular del primer directorio, además de Julio, Juan Carlos, Mario Norberto y José Fracchia. Fernando Azambuja Patrone, vicepresidente segundo del primer directorio, y Verónica Patricia Alessandrelli, José Atilano García, Marta Elena Rocatti, Ricardo Teodoro Alessandrelli y Ariel Gustavo Gelblung.
Fuentes judiciales señalaron que el presunto manejo irregular de la terminal portuaria tuvo ribetes trágicos ya que, al quebrar, provocó la pérdida de trabajo para centenares de obreros portuarios, algunos de los cuales tomaron la lamentable decisión de quitarse la vida. Si bien la causa no tiene una calificación legal todavía, fuentes cercanas a la investigación no descartaron que podría tratarse de un delito de "subversión económica".
Entre las hipótesis que se evalúan en el juzgado cabría la posibilidad de que la empresa concesionaria creciera y luego cayera por un aumento de capitales genuino o bien por la compra de acciones y un pase de fondos de firmas como de algunas entidades bancarias desaparecidas. Entre los argumentos de defensa que utilizaron los imputados se encontraron el "efecto tequila" y las caídas de los bancos Austral y Extrader, de los cuales provenían algunas de las empresas integrantes del consorcio como es el caso de Inversiones Portuarias.
Durante tres años funcionó la Terminal Portuaria número 6, en su transcurso desde allí habrían partido por lo menos tres grandes embarques con parte de las 6.500 toneladas de armas y municiones que se vendieron en forma ilegal a Croacia. Allí también funcionaba la empresa dueña del volquete que el 18 de julio de 1994 fue apostado frente a la AMIA. El juez Juan José Galeano trata de determinar si ese volquete no estalló junto al coche-bomba que explotó en el atentado contra la mutual de la colectividad judía.
De esos testimonios, Canicoba Corral extrajo fotocopias y envió los partes correspondientes a Galeano y al juez federal Jorge Urso que investiga la venta de armas. A su vez, ante planteos de que debía ceder la causa, Canicoba Corral obtuvo el apoyo de la Cámara Federal Penal que le reconoció su propia competencia para investigar los presuntos delitos cometidos contra la terminal portuaria.