Según pudo saberse, Bonadío reclamará enérgicamente por las declaraciones públicas del Vicepresidente en ejercicio de la presidencia de la Nación, Carlos "Chacho" Álvarez, referidas a la causa que se tramita en su juzgado, en la que se encuentra procesado el ex presidente del PAMI Víctor Alderete.
En lo que parece constituir el comienzo de una contraofensiva de la Justicia a las críticas contra el accionar de los jueces durante el anterior gobierno, Bonadío parece haber elegido el ámbito del Consejo de la Magistratura para plantear sus reclamos. El magistrado, según confiaron los voceros a Diario Judicial, no sólo protestará por su caso, sino que también lo hará con relación a las criticas que el diputado Héctor Polino formuló respecto del fallo por el cual el juez Sergio Fernández destrabó los contratos ferroviarios, así como las críticas periodísticas a la posibilidad de que el juez Gustavo Literas considere como cosa juzgada los delitos por los cuales su par español Baltazar Garzón libró orden de captura contra 48 militares, acusados por violaciones a los derechos humanos cometidas durante el último régimen militar.
En concreto, el juez Bonadío pedirá al Consejo de la Magistratura un pronunciamiento contra las declaraciones de gobernantes y legisladores que habrían intentado influir en la labor de la Justicia.
Bonadío considera como una "injerencia inadmisible" esas opiniones, al sostener, según confiaron sus allegados, que de esa forma "cualquier negativa en una causa a las demandas de las partes, sería pasible de la substanciación de un juicio político".