La reforma educativa establece las nuevas asignaturas que consisten en la enseñanza de los valores democráticos y constitucionales. Tiene como objetivo “favorecer el desarrollo de personas libres e íntegras a través de la consolidación de la autoestima, la dignidad personal, la libertad y la responsabilidad y la formación de futuros ciudadanos con criterio propio, respetuosos, participativos y solidarios, que conozcan sus derechos, asuman sus deberes y desarrollen hábitos cívicos para que puedan ejercer la ciudadanía de forma eficaz y responsable”.
Desde su implementación en diciembre de 2006, generó resistencia en muchos padres, que entendieron que este nuevo grupo de materias vulnera convicciones religiosas y morales de las familias, por lo que se agruparon en distintas organizaciones como objetores.
Cecilia Cuevas, portavoz de “Padres en Acción”, explicó "las objeciones se producen, mayoritariamente, porque las asignaturas de Educación para la Ciudadanía, se proponen expresamente formar la conciencia moral de los alumnos, algo que corresponde a los padres y no al Gobierno".
Los puntos más criticados por algunos sectores, fundamentalmente católicos, son los que tocan temas sobre familias multiparentales u homosexuales mediante una visión alternativa de los valores tradicionales, la obligatoriedad de la asignatura, y el “fin laicista y de adoctrinamiento estatal” que se derivaría de la misma.
Además, los objetores afirman que se pretende sustraer a los padres el derecho a decidir la educación moral de sus hijos y esa función es ejecutada por el Estado, contradiciendo el art. 27.3 de la Constitución Española, donde "los poderes públicos garantizan el derecho que asiste a los padres para que sus hijos reciban la formación religiosa y moral que esté de acuerdo con sus propias convicciones.
Los padres contrarios a las materias del EpC han logrado medidas cautelares favorables en toda España, generando un aluvión. Solamente en Madrid se presentaron 14.865 objeciones ante las autoridades educativas, comunidad autónoma que lidera el ránking.
Sin embargo, los superiores tribunales de justicia de las distintas comunidades autónomas, han fallado en forma diversa. Los máximos tribunales de Asturias y Cataluña rechazaron la posibilidad de objetar el dictado de las materias al considerar que ni la regulación jurídica ni los contenidos de la asignatura vulneran los derechos fundamentales recogidos en la Constitución Española. El Tribunal Superior de Justicia de Baleares dictaminó que estas materias "no inciden en valores religiosos sobre posiciones morales o ideológicas". El Tribunal Supremo de Cantabria también resolvió negar la objeción de conciencia al considerar que EpC es un "mínimo referente ético" basado en la Constitución y en mayo el Tribunal Superior de Justicia de Navarra rechazó suspender cautelarmente la obligatoriedad de la asignatura, a la espera de dictar sentencia sobre el asunto.
En forma opuesta, el Tribunal Superior de Justicia de Andalucía admitió el recurso presentado por cinco padres contra la asignatura en marzo de 2008. También, el Tribunal Superior de Justicia de Extremadura, ante la apelación de las autoridades educativas, ha fallado a favor de un padre que había logrado en primera instancia una medida cautelar que eximía a su hijo de cursar las materias EpC.
Tanto las autoridades educativas como los padres aguardan ansiosos a que se pronuncie el pleno de la Sala de lo Contencioso-Administrativo del Tribunal Supremo (TS) y adopte una decisión sobre la adecuación a Derecho de las currículas de Educación para la Ciudadanía (EpC) y sobre la legitimidad del ejercicio de la objeción de conciencia frente a ese grupo de materias. Los padres adelantaron que si el fallo no llegara a ser favorable, recurrirán al Tribunal Europeo de Derechos Humanos de Estrasburgo.
Al igual que en España, en Argentina se produjo polémica similar por la incorporación de la asignatura Educación Sexual, en las todas escuelas primarias y secundarias nacionales, que rige desde octubre de 2006. En ese caso, distintas entidades religiosas y padres de alumnos se pronunciaron en contra de su implementación por considerar que la sexualidad debe ser enseñada por los padres según sus creencias religiosas.