El expediente original en contra del magistrado se conformó por la denuncia del fiscal Oscar Hermelo, por excarcelaciones otorgadas en las que el magistrado "no tuvo en cuenta la peligrosidad de los delincuentes". En la presentación Hermelo destacó que entre los más de 300 reclusos a los que Delgado habría dejado salir en libertad en forma presuntamente irregular figura Arquímedes Puccio, el jefe de una banda que en la década del ´80 secuestró a Nélida Bollini de Prado, Eduardo Aulet y Ricardo Manoukian.
El sumario contra el magistrado se inició en octubre de 2003, tras la presentación efectuada por Hermelo, en la cual denunciaba a Delgado "de otorgar salidas transitorias de la cárcel ignorando las recomendaciones de los Consejos Correccionales".
Por otra parte, se decidió posponer la citación del juez federal de Corrientes Carlos Soto, dado que algunos consejeros decidieron pedir más tiempo para analizar su caso. La denuncia había sido presentada por el Ministerio Público Fiscal, en base a supuestas irregularidades y anomalías que se habrían detectado en el Juzgado Federal de la ciudad de Corrientes, donde el magistrado denunciado es titular.
En dichas maniobras, al parecer se materializaba la entrega de automóviles utilizados en ilícitos a los mismos acusados, el cambio de cauciones reales por cauciones juratorias, la presentación de escritos firmados por abogados inexistentes, como asimismo con firmas que diferían de las constancias.
Finalmente los consejeros decidieron que el Plenario del Consejo en un próximo acuerdo se constituya en la Comisión de Disciplina para evaluar si corresponde aplicar alguna sanción correctiva al juez de Instrucción Farías. Este caso fue decidido por el cuerpo luego que la Cámara del Crimen anuló algunos fallos del magistrado, motivando su remisión a la Comisión de Acusación. Esa instancia ya desestimó la existencia de causales de remoción de acuerdo a la regla de que los jueces no pueden ser removidos por el contenido de sus resoluciones, lo que fortaleció a la postura de Farías, que defendió su actuación.