Bunge será indagado por el juez federal Adolfo Bagnasco, acerca de la posibilidad que hubiera utilizado su cargo en la cartera, cuando era ministro de Economía Domingo Cavallo, para beneficiar, en licitaciones referidas a los "proyectos de Propiedad Participada", a una consultora de su propiedad.
Fue precisamente él quien introdujo en la Argentina ese tipo de proyecto, destinado a tentar a los empleados de las empresas estatales que fueron privatizadas y que debían percibir el 10 por ciento del paquete accionario de las mismas.
Según consta en el expediente, Bunge respaldaba las licitaciones de su propia consultora, beneficiada con las adjudicaciones para el plan. La maniobra fue descubierta, a raíz de una denuncia por irregularidades en la aplicación de la Propiedad Participada en los casos de Telefónica (ENTEL) e YPF.
En la causa se pudo comprobar que Bunge se presentaba a los concursos con su consultora y generalmente ganaba, por lo que podría haber incurrido en el delito de negocios "incompatibles con la función pública". La denuncia fue presentada por el diputado Moisés Fontela en 1993.