El juicio, a cargo del Tribunal Oral en lo Penal y Económico número 3, comenzó con el auto de elevación a juicio que acusa a Branca de contrabando y asociación ilícita. Si es condenado, podría volver a la cárcel, ya que la pena sería de entre 4 y 10 años de prisión. El ex magistrado es asistido por los abogados Jorge Sappia Dussaut y Roberto Schalagel.
“Es el juicio más grande en cantidad de imputados desde que existe el Código Procesal Penal”, señaló el fiscal de Cámara Gustavo Bruzzone, en relación al código que instauró el juicio oral en 1992. Bruzzone convocó para el juicio al fiscal de la instrucción, Emilio Guerberoff, quien en la práctica será el soporte de la acusación fiscal, de acuerdo al acabado conocimiento que tiene de la causa. Fuentes del ministerio público reconocieron que frecuentemente el fiscal Bruzzone se apoya en los fiscales de primera instancia cuando el expediente resulta voluminoso o presenta alguna complejidad.
La causa trata sobre la investigación de 38 contrabandos con taxis aéreos por sumas multimillonarias. Las audiencias, que se extenderán por al menos tres meses, serán los lunes y martes de 9 a 15 y los miércoles de 14 a 19. El TOPE-3, presidido por la juez Clalia Oliva Hernández de Masnatta, está conformado además, por los camaristas Ernesto Gandolfi y Héctor Acuña.
Los problemas de Branca con la justicia comenzaron en el verano de 1997 cuando Marcelo Paolini, un ex funcionario de la Aduana, registró en una cámara oculta una conversación que el entonces titular del Juzgado Federal 12 mantuvo en su despacho con dos supuestos contrabandistas.
Paolini, también imputado en la causa, lo acusó de proteger el ingreso ilegal de mercadería al país y el caso fue difundido por televisión. La filmación, que según Branca "no refleja ningún ilícito", fue valorada como prueba en la causa por contrabando que tramitó el juez Jorge Brugo, quien promovió el juicio político que culminó con la destitución del magistrado en diciembre de 1997. Branca fue responsabilizado por el Senado de "mal desempeño de sus funciones y presunta comisión de delitos en asociación ilícita".
El ex magistrado estuvo preso 10 meses, hasta que el TOPE-3 le concedió en octubre de 1998 el beneficio de la excarcelación, luego de depositar una fianza de 30.000 dólares.