En campaña, como punto relevante en su agenda, prometió clausurar la base naval estadounidense de Guantánamo, Cuba. Incluso podría ser su primera orden ejecutiva. Sin embargo en una reciente entrevista a la ABC, aceptó que en el cierre no podrá efectuarse en los primero 100 días de gobierno. "No quiero ser ambiguo sobre esto. Cerraremos Guantánamo y queremos estar seguros de que los procedimientos que emplearemos sean respetuosos de nuestra Constitución", explicó Obama.
En la base funciona una prisión de alta seguridad que desde 2002 es utilizada como centro de detención para los prisioneros acusados de terrorismo, luego de los atentados de 11 de Septiembre de 2001. Según el gobierno estadounidense, Guantánamo alberga miembros de los grupos Al-Qaeda y talibán, junto a otras personas que han dejado de ser consideradas sospechosas y esperan su reubicación.
Organismos como la ONU y el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR) realizaron diversos informes denunciando prácticas equivalentes a torturas como exposición de ruidos o música molesta, temperaturas extremas por tiempo prolongado o palizas.
Desde febrero de 2006 la ONU solicitó el cierre de las instalaciones a través de un borrador del informe de la organización donde acusa a Estados Unidos “de distorsionar las leyes internacionales al negar el derecho a garantías legales a los prisioneros, no permitiéndoles elegir un abogado defensor y nombrando a responsables para las audiencias con un mínimo nivel de conocimiento legal". Por parte de del portavoz del Departamento de Estado, Sean Mc Cormack, de la administración Bush, desestimó al informe por estar basado “en rumores y no en hechos”.