El Pleno de la Sala Tercera de lo Contencioso Administrativo falló con 22 votos a favor y 7 en contra. El Tribunal Supremo se pronunció por los cuatro fallos presentados por los Tribunales Superiores de Justicia autonómicos en relación con varios recursos de casación: tres de esas sentencias, de Asturias, denegaban el derecho a los objetores y la otra, de Andalucía, los favorecía.
Diferentes agrupaciones de objetores como la Confederación Católica Nacional de Padres de Familia y de Padres de Alumnos (Concapa) y el Observatorio para la Objeción de Conciencia del Foro Español de la Familia, se mostraron disconformes con el fallo. Según declaraciones del Observatorio, “introducir debates sobre temas tan controvertidos intelectual y políticamente como la globalización y su valoración" o "las causas de la pobreza en el mundo" supone "politizar la escuela al servicio de las ideologías particulares de quienes deciden qué se enseña y con qué materiales pedagógicos".
Además, consideran que los contenidos son "partidistas", porque "expropia el derecho constitucional de los padres a decidir la formación moral de sus hijos, imponiendo una ética única, inspirada en valores políticos" y porque incluye una "ideología de género”. De igual manera se pronunció el Foro Español de la Familia, ya que explica que las materias como los modelos de familias y matrimonio, la orientación afectivo-sexual y otras propias de la ideología de género que afectan directamente a la formación moral de los alumnos, "sólo corresponde impartirla a los padres"
Por su parte, el coordinador general de la IULV-CA Diego Valderas consideró como "un mazazo para las aspiraciones del PP" que, en su opinión, "debe de perder la intransigencia conservadora en esta materia". Asimismo, la Federación Estatal de Lesbianas, Gays, Transexuales y Bisexuales (FELGTB) emitió un comunicado y felicitó a los españoles “pues a nuestro juicio, la sentencia del Supremo viene a introducir racionalidad en un debate artificial, un arma política cargada de homofobia contra una asignatura que sólo pretende educar en valores comunes mínimos, para beneficio de todos y todas”.
Por su parte, la secretaria autonómica de Educación del PSOE de Castilla y León, Carmen Juanes, satisfecha con el fallo, dijo que "es contundente" al negar el derecho a la objeción de conciencia respecto y que asegura que "no se puede objetar lo inobjetable".
Sin embargo, luego de las repercusiones del fallo adverso los objetores no descartan la posibilidad de presentar un amparo al Tribunal Constitucional, aunque consideran que no será a corto plazo. Por el momento, los alumnos deberán cursa la asignatura ya que es obligatoria.